Razlika između svijetlih, tamnijih i šarenih jaja uglavnom se svodi na genetiku kokoši koje ih nose.
Boja ljuske jajeta određena je genima kokoši, tako da bijele kokoši s bijelim uškama obično nose bijela jaja, dok crvene ili smeđe kokoši sa smeđim uškama nose smeđa jaja. Pasmina Araukana, poznata kao pileća uskršnja kokoš, nosi plava jaja12.
Što se tiče okusa, nema razlike između bijelih i smeđih jaja; oni su istog okusa bez obzira na boju ljuske.
Međutim, u nekim zemljama, kao što su Sjedinjene Američke Države, smeđa jaja su skuplja i često se smatraju kvalitetnijima, što je zapravo pogrešno.
Razlog zašto u trgovinama može biti više bijelih nego smeđih jaja leži u ekonomičnosti uzgoja. Kokoši koje nose smeđa jaja su obično veće i troškovi njihovog uzgoja i prehrane su veći, dok su bijele kokoši ekonomičnije za proizvodnju.